Gökova Körfezi’nin önemli yaşam alanları arasında, Akdeniz Havzası’nın endemik türlerinden olan deniz çayırlarının (Posidonia oceanica) geniş yatakları da bulunuyor. Aralarında nesli tehlike altındaki orfoz (Epinephelus marginatus), kulaklı folya (Mobula mobular), akvatoz (Rostroraja alba) ve nesli tehlike altındaki keler balığı (Squatina squatina) ve (Squatina oculata)’nın da bulunduğu, Türkiye sularında kaydedilen tüm balık türlerinin yaklaşık %73'ü Gökova Körfezi’nde yaşamaktadır. Nesli tehdit altındaki Akdeniz foku (Monachus monachus) ve Kum köpek balığı (Carcharhinus plumbeus) için üreme ve beslenme alanıdır.
Tüm bu çeşitliliğin korunması, denizel türlerin popülasyonlarının artması ve bu sayede küçük ölçekli balıkçılığın desteklenmesi amacıyla 10 Temmuz 2010 tarihinde 27637 sayılı Resmi Gazete ile altı alan “Balıkçılığa Kapalı Alan” olarak ilan edilip tüm Körfez büyük ölçekli balıkçılığa kapatılmıştır.
Akdeniz Koruma Derneği, kurulduğu 2012 yılından bu yana yerel, ulusal ve uluslararası iş birlikleri kurarak Gökova Körfezi’nde bütüncül deniz koruma ve izleme çalışmaları uygulamaktadır.
Dernek, Deniz Koruyuculuğu Sistemi’ni ülkemizde Balıkçılığa Kapalı Alanlar için model olarak geliştirip ilk kez 2013 yılında Gökova Körfezi’nde yetkili kamu kurumları ile uygulamaya başlamıştır. Bu sistem sayesinde BKA’ların içinde nesli tehlike altındaki türlerin ve balık biyokütlesinin 2013 yılından bu yana giderek arttığı kaydedilmiştir. Akyaka Su Ürünleri Kooperatifi’nin günlük balıkçılık verilerine göre balıkçılık için gelir %400 artmıştır.
Dernek, Körfez’de deniz çayırları, kum köpekbalığı, Akdeniz foku için izleme ve rehabilitasyon çalışmalarının yanı sıra iklim değişikliği, balık biyokütlesi, makroalg türleri üzerine izleme çalışmaları yürütmektedir.
Gökova Körfezi, Türkiye ve dünyadaki Deniz Koruma Alanları için örnek alan halini almıştır. Haziran 2017'de New York’ta Birleşmiş Milletler tarafından düzenlenen Dünya Okyanus Konferansı’nda Gökova Körfezi Deniz Koruma Alanı dünyanın en iyi 16 deniz koruma alanından biri olarak ilan edilmiştir.
AKD, Gökova Körfezi’nde edinilen tüm tecrübe ve kazanımları, 2019 yılında Fethiye-Göcek 2022 Datça-Bozburun Yarımadası deniz koruma alanlarında uygulanmaya başladı.